急性上呼吸道感染主要为病毒感染所致,病毒感染占源发病的90%以上。其他非典型的病原体,在呼吸道感染中所占的比例,也在逐渐上升,其中以肺炎支原体、肺炎衣原体、嗜肺军团菌等多见,细菌感染较少见,在病毒中以呼吸道病毒最为多见,肠道病毒也同时存在。
比较常见的病毒,有鼻病毒、柯萨奇病毒、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等等。
肺炎支原体,不但可以引起肺炎,也可以引起上呼吸道感染,还有就是比较少见的细菌,仅为原发性上呼吸道的感染的10%左右,侵入上呼吸道的继发性细菌感染,大多属于β溶血性链球菌A组,肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和葡萄球菌。