真菌性鼻窦炎分为非侵袭性真菌性鼻窦炎和侵袭性真菌性鼻窦炎。其中非侵袭性又分为真菌球和病理性真菌性鼻窦炎。侵袭性分为急性侵袭性真菌性鼻窦炎和慢性侵袭性真菌性鼻窦炎。根据类型的不同其治疗方法也不相同。
一、手术治疗。非侵袭性真菌性鼻窦炎行鼻内镜手术，彻底清除患窦内真菌球或黏蛋白和真菌碎片。不可逆的病变组织，建立鼻窦宽敞永久性引流，保留鼻窦正常的黏膜和骨壁。侵袭型真菌性鼻窦炎则应行鼻窦清创术，手术方式可根据病变范围，选择传统式或鼻内镜手术，广泛彻底清除鼻腔和鼻窦内病变组织外，并根据病变范围广泛切除，受累的鼻窦黏膜和骨壁，包括受轻和失活的鼻、鼻窦、口腔及眶内组织等，并确保鼻窦和眼眶的充分引流。真菌球经手术后多数可获得治愈，病理性真菌性鼻窦炎较难治疗，术后进行定期复查和随访，预防复发。
二、药物治疗。真菌球术后一般不需配合抗真菌药物治疗。病理性真菌性鼻窦炎术后应用糖皮质激素控制病情，能明显减轻炎症反应，黏膜水肿及息肉形成，降低术后复发率。目前多采用围术期口服泼尼松或鼻内用人工合成长效糖皮质激素喷雾。但长期口服泼尼松时应注意并发症。侵袭型真菌性鼻窦炎必须用抗真菌药物，首选广谱杀真菌药两性霉素B，对急性侵袭型真菌性鼻窦炎则静脉点滴可获良好控制，但副作用较大。术后应用抗真菌药物两性霉素B灌洗术腔，对控制复发有一定的作用。
