韦格纳肉芽肿病是不能治愈的疾病,但是经早期诊断、早期进行合理有效的治疗目前大部分患者能够维持长期缓解。影响本病预后的主要因素是难以控制的各种感染和不可逆的肾脏损害,年龄57岁以上,血肌酐升高是预后不良的因素。此外病情有可能会进行性进展而加速死亡,所以早期诊断、早期治疗,力争在肾功能损害之前给予积极的治疗可改善预后。
韦格纳肉芽肿病目前虽无特效药物能够治好或者预防,但近些年来随着对本病认识的提高以及早期合理治疗,已经有80%患者存活时间可以超过五年。如果延误诊断、未经合理治疗者死亡率仍很高,在过去未经治疗的本病平均生存期仅五个月左右。