口腔局部疾患主要是导致口臭的原因，但不容忽视的是，口臭也常是某些严重系统性疾病的口腔表现，有一些器质性疾患也会导致口臭症。口臭分为病理性口臭和生理性口臭，其中病理性口臭分为口源性口臭和非口源性口臭。
据统计80%-90%的口臭是来源于口腔。口腔中有未治疗的龋齿、残根、残冠、不良修复体、不正常结构、牙龈炎、牙周炎以及口腔黏膜病等都可以引起口臭。其中龋齿和牙周疾病又是最常见的相关疾病，深龋窝洞内、不良修复体悬突下常残存食物残渣或菌斑，细菌经过发酵分解，产生臭味。牙髓坏死或化脓性牙髓炎，未经治疗也可发出臭味；牙周病患者常伴有大量的牙石、菌斑，牙周袋内细菌发酵产生硫化氢、吲哚和氨类，因而产生臭味。
口腔邻近组织疾病如化脓性扁桃体炎、慢性上颌窦炎、萎缩性鼻炎等，都可产生脓性分泌物而发出臭味；临床上常见的内科疾病如急慢性胃炎、消化性溃疡出现酸臭味；幽门梗阻、晚期胃癌常出现臭鸭蛋性口臭。
生理性口臭是指饥饿或者是食用了某些药物或洋葱、大蒜等刺激性食物、抽烟、睡眠时唾液分泌量减少所致的细菌大量分解食物残渣等都可能引起短暂的口臭。而健康人的口臭可能由于不良的口腔习惯或口腔卫生造成舌背菌斑增多、增厚所引起的。
