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子宫内膜异位症可能和遗传有一定的关系，但是不全都是先天性的，子宫内膜异位症它的病因来源至今尚未查明，目前关于子宫内膜异位症来源主要有以下三种学说：
第一种，种植的学说，包括经血逆流，淋巴或经脉的播散，医源性的种植。
第二种，体腔上皮化生的学说，卵巢的表面的上皮、盆腔腹膜均有胚胎期，具有高度化生潜能的体腔上皮分化，在受到持续卵巢激素或者是经血或者慢性炎症的反复刺激后，能被激活转换为子宫内膜样组织。
第三种，诱导学说，未分化的腹膜组织在内源性的生物化学因素诱导下，可发展成为子宫内膜组织，然后就是种植的内膜可以释放化学物质，诱导未分化的间充质形成子宫内膜异位组织。
子宫内膜因为这个形成可能还与下列因素有关：
1，就是遗传的因素，具有一定的家族聚集性，患者的发病可能和遗传有关。
2，免疫及炎性的因素，免疫调节异常在内热发生发展和环境中起到非常重要的作用。
3，其他的因素，比如有的学者提出在位内膜绝对决定论认为在位的子宫内膜的生物学特性是发生的决定的因素，局部环境是影响的影响。
4，环境的因素也和子宫内膜异位症之间存在潜在的关系，血管深沉因素也可参与异位症的发生，患者腹腔液中的vegf血管生成因子增多，使盆腔血管生长增加，利于异位的内膜控制生长。
