早期诊断和治疗是降低脑炎病死率的最主要的关键因素，主要包括抗病毒治疗以及免疫治疗和对症支持治疗。
第一个是抗病毒治疗。目前常用的抗病毒治疗包括阿昔洛韦，首选的药物治疗是一种鸟嘌呤衍生物，能抑制病毒DNA的合成。广谱抗病毒的药物对于常见的脑炎，单纯疱疹病毒脑炎有强烈的抑制作用，对于水痘带状疱疹病毒也有抑制作用，对于巨细胞病毒的抑制作用相对较弱。阿昔洛韦可以透过血脑屏障脑积液中的药物浓度为50%，当临床上提示为单纯疱疹病毒感染或者是不能排除单纯疱疹病毒脑炎时，可以应该立即给予阿昔洛韦治疗，不应该等待结果而延误用药，过程中一定要注意观察阿昔洛韦的副作用。
如果发现患者是巨细胞病毒性脑炎的时候，可以使用更昔洛韦，因为对阿昔洛韦不是非常敏感。再就是更昔洛韦的治疗，可以增强抑制病毒DNA合成的作用，更昔洛韦对阿昔洛韦耐药的疱疹病毒比较敏感，对巨细胞病毒有强烈的抑制作用的，主要不良反应也是肾功能和骨髓抑制。
第二个主要的治疗包括肾上腺皮质激素的应用。对应用糖皮质激素的治疗应该有异议，但是也没有确切的依据支持所有单纯疱疹病毒均应该使用糖皮质激素的理论，但是从理论上来讲糖皮质激素可以抑制神经炎症反应而获益，但同时会加剧中枢神经系统感染而加重病情。但对严重的脑水肿，不是腰椎穿刺患者可酌情使用，对高热、抽搐、精神症状和颅内压增高的，可以给予分别降温，镇静及脱水降颅压等等的治疗。
其他的，比如昏迷，水电解质紊乱的时候可以进行相关的治疗以及包括其他的合并症的，比如改善呼吸道和泌尿道感染的相关治疗。
