乳腺囊性增生病主要是对症治疗，若肿物可以癌变或对症治疗后肿物无明显消退者，应于切除，并做病理检查，其具体的治疗方法为：
一、对症治疗，可用中药或中成药调理，因乳腺囊性增生病的发生机制与乳腺癌的发生，有其同源性，固也可应用抗雌激素药物进行治疗。
1，内分泌治疗，他莫昔芬是一种非甾体类的抗雌激素药物，月经干净后第五天口服，每天两次，每次10毫克，连用十五天停药，也可于下次月经来潮后重复，但是长期应用他莫昔芬，可以导致子宫内膜癌癌变和增加肝细胞损害的危险。
2，中医中药治疗，对青年女性患者，一侧或两侧乳房出现肿块和疼痛，并随月经周期变化，同时伴经前心烦易怒、胸闷、嗳气、两肋胀痛者，可用逍遥丸、逍遥散、乳疾灵颗粒等。
中年已婚妇女，以乳房肿块为主症，疼痛稍轻伴随月经不调、耳鸣目眩、身体乏力可用平消胶囊、小金丹等。
二、手术治疗，在以下情况下需要采取手术治疗，预防乳腺癌的发生。
1，乳腺不规则肿物，年龄大约四十岁或针吸细胞学检查，提示非典型增生者，应做局部活检。
2，年龄大于五十岁，有乳腺癌家族史，或非典型增生有明显增生，或乳头状瘤病，患者可行预防性乳房皮下切除。
3，生育后妇女，伴有乳腺癌家族史，并且为BRCA基因突变携带者，建议行预防性双乳切除术。
