三黄片和黄连上清片的区别在于两方面，一是用药成分不同，二是主治病症的不同：三黄片更适用于胃肠实火的上火，黄连上清片更适用于以眼睛不适为症状的上火。
三黄片的成份为大黄、盐酸小檗碱、黄芩浸膏。辅料为：淀粉、硬脂酸镁、蔗糖、滑石粉、明胶、柠檬黄。其功能主治清热解毒，泻火通便。用于三焦热盛所致的目赤肿痛，口鼻生疮，咽喉肿痛，牙龈肿痛，心烦口渴，尿黄便秘。
三黄片的组方只有“大黄、黄芩、黄连”这3味药，现在的中成药里大多采用黄连的提取物“盐酸小檗碱”和黄芩的提取物黄芩浸膏。组方中的大黄有“通便泻火”的功效，所以三黄片更适用于胃肠实热的上火，能清热解毒、泻火通便。胃肠实火的症状主要有：目赤肿痛、口鼻生疮、咽喉牙龈肿痛、心烦口渴或痢疾、便秘腹胀、尿黄等。
黄连上清片的成份为黄连、栀子、连翘、炒蔓荆子、防风、荆芥穗、白芷、黄岑、菊花、薄荷、大黄、黄柏、桔梗、川穹、石膏、旋覆花、甘草。辅料为：糊精、硬脂酸镁、蔗糖、滑石粉、明胶、柠檬黄、虫白蜡。其功能主治清热通便、散风止痛。用于头晕目眩，暴发火眼，牙齿疼痛，口舌生疮，咽喉肿痛，耳痛耳鸣，大便秘结，小便短赤。组方中除了大黄、黄芩、黄连，解表药占了很大部分，主要功能在于“清热通便、散风止痛”，也就是针对外感风热病邪所致的各类疾病。所以黄连上清片更适于以眼睛不适症状更明显的上火，特别是存在眼屎多、头晕目眩、眼睛红肿疼痛等症状时，服用效果较好。
当然，三黄片和黄连上清片也有相同点，它们都用于实火，也就是外感病邪所致的上火，都需要在医师指导下应用。
