对于儿童直径小于等于20毫米的肾结石，体外冲击波碎石术仍是侵入性最小的治疗手段，效果显著。一方面由于儿童组织器官内含水量较成人高，使得冲击波在体内不易衰减，更容易发挥治疗作用，另一方面，儿童的结石成分不同于成人，更容易被击碎而排石成功。
对于年龄小于十岁的儿童，为避免碎石过程中发生结石移位以及定位的需要，通常可考虑采用全身麻醉，此外为避免体外冲击波碎石过程中潜在的肾功能损害，可考虑治疗过程中酌情减少冲击波的次数和能量，从而保护儿童的肾脏功能，对于直径大于20毫米的肾盂或肾盏结石，推荐采用经皮肾镜碎石术，儿童经皮肾镜碎石术，术前评估手术，适应症和操作与成人相似。随着输尿管镜设备的改进，使得输尿管镜碎石，越来越多的被应用在儿童尿路结石的治疗上，目前主要采用钬激光超声以及气压弹道碎石等手段，而输尿管结石已成为治疗儿童上尿路结石的有效方法。
对于近端输尿管结石和直径小于1.5厘米的下组肾盏结石尤为有效，大部分儿童泌尿系结石可通过体外冲击碎石，经皮肾镜和输尿管镜进行处理，但对于某些复杂性结石以及合并严重的先天性畸形，从而限制腔道的手术操作的患儿，仍可考虑腹腔镜和开放手术治疗，所有儿童泌尿系结石的患者均需进行完整的代谢评估，并根据结石成分的结果采取相应的措施，以预防结石的复发。
