低位肛瘘有可能会复发的，比如大便经常的不成形，经常的腹泻等，一般低位肛瘘的诱发因素有平时不注意肛门局部清洁卫生，饮食不节、饮酒等方面，地位肛瘘通常可通过手术进行治疗比如瘘管切开术，肛瘘切除术等。
如果大便经常的不成形，经常的腹泻，可能会导致肛瘘的复发，瘘管位于肛门括约肌深部以下的肛瘘叫低位肛瘘。肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的慢性感染性管道，其内口多位于齿状线附近，少数位于直肠，外口多位于肛周皮肤，少数位于臀部，极少数位于其他部位。低位肛瘘可分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。
不注意肛门局部清洁卫生，如肛窦炎、肛腺分泌旺盛、肛腺感染，饮食不节、饮酒，或者喜好进食辛辣刺激性食物。便秘、排便时间过久，肠道菌群失调。特殊感染，如结核杆菌感染等。
手术治疗，瘘管切开术用于治疗低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。自外口探入探针，内口穿出，切开瘘管上方的组织，包括瘘管壁外的皮肤、皮下组织、纤维性管壁和外括约肌皮下部，切开后用刮匙清除管道内肉芽组织；肛瘘切除术，用于治疗低位单纯性肛瘘，自外口探入探针，内口穿出，切除瘘管以及瘘管周围瘢痕组织。先沿外口作环形切开，距外口边缘的半径约0.5cm。切开皮肤和皮下组织后，紧贴瘘管的条索样管道向内口方向将其剔出。
建议低位肛瘘患者应保持肛门局部的卫生清洁，养成便后或者睡前温水坐浴的好习惯。每天坚持适量的运动，特别是对于由于工作需要久坐的人，增强免疫力。
