女孩两只手小拇指短可能是受到外伤、缺乏维生素D和钙、发育异常等原因导致的。
1、受到外伤：
如女孩小拇指受到了严重的外伤，如锐器伤或者挤压伤，造成手指缺损，也可以导致小拇指短的情况发生，此时需要及时包扎伤口，由于小拇指对于维持手部功能的重要性较弱。因此，局部伤口恢复后患者仍然可以正常生活和学习。
2、缺乏维生素D和钙：
女孩如果营养不足，缺乏维生素D和钙，会导致小拇指骨骺发育异常，生长速度缓慢，从而使小拇指发育较短，造成局部畸形。同时也会伴有全身多部位病变，如膝关节内翻畸形或者外翻畸形等。此时需要及时补充维生素D和钙，可以吃一些牛奶、虾皮、排骨等，平时多晒晒太阳，必要时也可以在医生指导下吃碳酸钙D3片、葡萄糖酸钙锌口服溶液、醋酸钙胶囊等。
3、发育异常：
如果存在发育异常，可出现短指畸形。短指畸形会以手指短小为特点，可以为单纯性的指骨短小，也可以为掌骨短小。轻型的短指畸形，其外形和功能近乎正常，仅有小拇指一节指骨，或者小拇指肌腱、肌肉发育不良。严重短指畸形，则小拇指如肉赘附着在掌部远端，除了皮肤、皮下组织外，没有骨关节及肌腱、肌肉部分，一般需要手术进行治疗。
除上述常见原因以外，也有可能是染色体异常等原因导致的。
