12岁孩子发烧39℃可能是急性胃肠炎、细菌性感冒、病毒性感冒、支气管炎、肺炎等原因引起的，可以通过物理降温、口服药物的方式改善。
1、急性胃肠炎：
当机体感染致病菌后，会影响机体的免疫系统，导致体温升高，出现发热的情况，可以使用低于患者体温的毛巾，反复擦拭身体的大血管部位，比如颈部两侧、腋下以及腹股沟等，可以帮助身体散热，达到退热的效果。
2、细菌性感冒：
当细菌侵入机体后，会导致身体的免疫力低下，引起高热的情况，可以在医生指导下服用头孢克肟颗粒、布洛芬颗粒、阿莫西林颗粒等药物治疗，能够起到消炎和退热的效果，可以使用40℃的温水冲服。
3、病毒性感冒：
如果自身免疫力比较低下，感染了呼吸道合胞病毒以及巨细胞病毒，对体温调节中枢造成刺激，引起体温调节中枢紊乱，出现发热的情况，可以使用冷毛巾擦拭额头、腋下等部位，帮助身体散热，也可以遵医嘱服用磷酸奥司他韦颗粒、利巴韦林颗粒、蒲地蓝消炎口服液等药物治疗。
4、支气管炎：
由于炎症因子持续刺激，会导致体温调定点上移，引起发热的情况，可以在医生指导下服用阿奇霉素颗粒、氢溴酸右美沙芬口服溶液、急支糖浆等药物治疗，这些药物可以在饭后半小时服用。
5、肺炎：
细菌抵达下呼吸道后滋生繁殖，引起肺泡毛细血管充血，导致肺部发生感染性炎症，患者通常会出现高热、咳嗽、咳痰等症状，可以在医生指导下通过注射用头孢曲松钠、盐酸左氧氟沙星注射液、盐酸莫西沙星注射液等药物治疗，使用药物时需要严格遵医嘱，不可以私自更改药物剂量。
日常生活中要养成良好的生活习惯，保证充足的休息，不可以长时间熬夜，增加蛋白质的摄入量，可以选择鸡蛋、豆腐、鱼肉等，可以补充营养。
