有益菌是指在人体肠胃生长的、对人体健康起到正面作用的细菌或真菌，包括乳酸菌类、双歧杆菌、干酪乳酸菌、酵母菌等；有害菌是以产气荚膜杆菌为代表的需氧菌，是能够使人体致病的细菌，包括产气荚膜杆菌、绿脓杆菌等。
有益菌：
1.乳酸菌类：乳酸菌可以发酵降解部分脂肪，还可在代谢过程中合成维生素B族，为人体提供营养物质，又能缓解因菌群失衡而引起的腹胀、腹泻等症状；
2.双歧杆菌：可以促进维生素D和铁、蛋白质的吸收，还能抑制大肠埃希菌、沙门菌等致病菌的生长；
3.干酪乳杆菌：可以帮助降低血脂和胆固醇，抵抗肠道病菌，还能够防止食物过敏和急性腹泻；
4.酵母菌：可以帮助减少抗生素对人体的伤害，改善便秘，有助于避免腹胀发生的风险。
有害菌：
1.产气荚膜杆菌：能分解细胞膜上的卵磷脂，损伤多种细胞的细胞膜，引起溶血、组织坏死、血管内皮细胞损伤，使血管通透性增高，透明质酸酶及胶原酶能破坏细胞间质，分解皮下组织和肌肉组织的胶原纤维，使组织崩解，有利于细菌及毒素的扩散。产气荚膜杆菌是气性坏疽的主要病原菌，并可引起厌氧性蜂窝织炎、泌尿系感染和食物中毒。
2.绿脓杆菌：能产生多种与毒力有关的物质，如内毒素、外毒素a、弹性蛋白酶、胶原酶、胰肽酶等，其中以外毒素a最为重要。感染后主要靶器官肝脏可出现细胞肿胀、脂肪变性及坏死；其他脏器病变有肺出血和肾脏坏死。绿脓杆菌感染可发生在人体任何部位和组织、常见于烧伤或创伤部位、中耳、角膜、尿道和呼吸道。也可引起心内膜炎、胃肠炎、脓胸甚至败血症。患者感染后可产生特异性抗体，有一定的抗感染作用。
