1、多数患者有关节疼痛，关节侵蚀性改变，多见于腕关节、掌指关节、近端指间关节，关节畸形较常见，可出现关节挛缩、尺侧偏斜和天鹅颈样改变。此外，由于腱鞘炎引起手屈肌的活动受限在MCTD表现得较突出。
2、手和手指早期肿胀，后期可表现为“腊肠样”，皮肤增厚绷紧，组织学改变为皮肤肿胀和胶原沉着。
3、50%~70%患者病程中出现肌肉病变，表现为近端肌肉有压痛和无力，血清肌酸磷酸激酶和醛缩酶升高，肌电图显示肌炎的改变，活检见肌纤维变性。
4、食管症状最为常见，表现为烧心感、吞咽困难，也可出现反流性食管炎引起的溃疡和狭窄。
5、肺部的病变包括弥散功能障碍、肺间质纤维化、肺动脉高压，还可出现胸膜炎、膈肌功能障碍等。85%的MCTD患者有肺部受累的证据，但大多数患者没有症状，严重的患者可出现咯血、劳力性呼吸困难、胸痛。约70%患者肺功能检测异常，表现为弥散功能、用力呼气肺活量和静息血氧明显降低。
6、心脏侵犯最常见的表现为心包炎，偶见心包填塞引起死亡。
7、可表现为肾病综合征，可发生肾性高血压甚至高血压危象。
8、3/4的患者有贫血、白细胞减少特别是淋巴细胞减少，它们和MCTD慢性炎症和疾病的活动相关。
